Benchmarking with sensitivity/sensibility

Sensitivity/sensibility analysis
A 343-preprint test collection was collected on October 23, 2020.
It resulted from an extensive manual searches for preprint–publication links.
The associated sensitivity/sensibility analysis is detailed in our Scientometrics paper and supplementary materials.
This analysis accounts for False Negatives: preprints associated to publications that the linker failed to retrieve.

Benchmarking with trec_eval



One may assess the precision of the linker's output using the preprint–publication links validated by an epidemiologist:

  1. Download and compile the trec_eval program from NIST.

  2. Paste the relevance assessments below in a file named assessments.txt.

  3. Paste the linker's output below in a file named linker.txt.

  4. Run the benchmark: trec_eval -qc -m P.1 -m recip_rank assessments.txt linker.txt



ℹ️ Learn more about the TREC Initiative and the trec_eval program and input formats.
Preprints with at least one publication associated to:729
Precision@1: 0.9177Average of the precisions at rank 1 for each preprint (1 if the top-ranked publication is relevant else 0)
Reciprocal rank: 0.9330Average of the reciprocal ranks for each preprint (1/rank of the topmost relevant result or 0)
10.1101/2020.01.30.20019844 0 10.1126/science.abb6105 1
10.1101/2020.02.18.20021881 0 10.1016/j.jhin.2020.02.021 1
10.1101/2020.02.26.20026971 0 10.1016/j.cgh.2020.04.002 1
10.1101/2020.02.27.20027557 0 10.1016/j.apsb.2020.04.008 1
10.1101/2020.03.03.20030593 0 10.1001/jama.2020.6130 1
10.1101/2020.03.06.20032342 0 10.1038/s41392-020-0158-2 1
10.1101/2020.03.12.20034660 0 10.1016/s2468-2667(20)30090-6 1
10.1101/2020.03.16.20036145 0 10.1073/pnas.2004168117 1
10.1101/2020.03.16.20036780 0 10.1159/000512099 1
10.1101/2020.03.16.20037135 0 10.1016/j.ijantimicag.2020.105949 1
10.1101/2020.03.16.20037135 0 10.1016/j.ijantimicag.2020.106237 1
10.1101/2020.03.16.20037135 0 10.1016/j.ijantimicag.2020.106239 1
10.1101/2020.03.16.20037135 0 10.1016/j.ijantimicag.2020.106243 1
10.1101/2020.03.17.20037432 0 10.3389/fphar.2021.683296 1
10.1101/2020.03.19.20038984 0 10.1016/j.medj.2020.04.001 1
10.1101/2020.03.22.20034041 0 10.1097/md.0000000000023357 1
10.1101/2020.03.22.20040832 0 10.1183/13993003.00799-2020 1
10.1101/2020.03.25.20037721 0 10.1093/cid/ciaa539 1
10.1101/2020.03.28.20045955 0 10.1097/md.0000000000023923 1
10.1101/2020.03.28.20046144 0 10.1111/cts.12880 1
10.1101/2020.03.31.20038935 0 10.1161/hypertensionaha.120.15143 1
10.1101/2020.04.01.20048561 0 10.1038/s41375-021-01299-x 1
10.1101/2020.04.03.20052373 0 10.1371/journal.pmed.1003244 1
10.1101/2020.04.03.20052373 0 10.1371/journal.pmed.1003376 1
10.1101/2020.04.05.20054163 0 10.1126/sciadv.abc1463 1
10.1101/2020.04.06.20042580 0 10.3389/fimmu.2020.01061 1
10.1101/2020.04.06.20042580 0 10.3389/fimmu.2020.615275 1
10.1101/2020.04.07.20056390 0 10.1186/s13054-020-02964-w 1
10.1101/2020.04.07.20056424 0 10.1001/jamanetworkopen.2020.8857 1
10.1101/2020.04.07.20057356 0 10.1177/0033354920976575 1
10.1101/2020.04.08.20047134 0 10.1038/s41421-020-00235-0 1
10.1101/2020.04.08.20047134 0 10.1038/s41421-021-00267-0 1
10.1101/2020.04.08.20056051 0 10.1038/s41598-020-75491-x 1
10.1101/2020.04.08.20057539 0 10.14336/ad.2020.0630 1
10.1101/2020.04.09.20056903 0 10.1371/journal.pone.0240203 1
10.1101/2020.04.09.20058941 0 10.1016/j.ijid.2020.06.091 1
10.1101/2020.04.10.20060558 0 10.1136/bmj.m1849 1
10.1101/2020.04.10.20060699 0 10.1136/bmj.m1844 1
10.1101/2020.04.11.20061473 0 10.2174/1568026621666210429083050 1
10.1101/2020.04.11.20061739 0 10.1002/cti2.1192 1
10.1101/2020.04.11.20062232 0 10.1007/s40520-020-01619-8 0
10.1101/2020.04.11.20062232 0 10.1371/journal.ppat.1008969 1
10.1101/2020.04.12.20062695 0 10.1007/s40258-020-00596-3 1
10.1101/2020.04.15.20066266 0 10.3389/fmed.2021.566609 1
10.1101/2020.04.15.20067017 0 10.3389/fphys.2020.573044 1
10.1101/2020.04.15.20067272 0 10.1016/j.amepre.2020.04.006 1
10.1101/2020.04.16.20062141 0 10.1371/journal.pone.0252827 1
10.1101/2020.04.16.20065920 0 10.1016/j.medj.2020.06.001 1
10.1101/2020.04.17.20053157 0 10.1038/s41586-020-2488-1 1
10.1101/2020.04.17.20053157 0 10.1038/s41586-020-2956-7 1
10.1101/2020.04.20.20072421 0 10.4103/jrms.jrms_1088_20 1
10.1101/2020.04.22.20075671 0 10.1161/jaha.120.017144 1
10.1101/2020.04.22.20075762 0 10.3201/eid2609.201932 1
10.1101/2020.04.23.20077123 0 10.3390/vaccines8030378 1
10.1101/2020.04.24.20077735 0 10.1016/j.ijid.2020.07.053 1
10.1101/2020.04.24.20077735 0 10.1016/j.ijid.2020.11.179 1
10.1101/2020.04.24.20078709 0 10.3389/fmed.2020.00402 1
10.1101/2020.04.25.20079079 0 10.5414/cp203861 1
10.1101/2020.04.26.20081059 0 10.1093/nsr/nwaa113 1
10.1101/2020.04.26.20081083 0 10.1016/j.onehlt.2020.100160 1
10.1101/2020.04.27.20073379 0 10.1007/s11427-020-1732-2 1
10.1101/2020.04.27.20073379 0 10.1007/s11427-020-1751-3 1
10.1101/2020.04.27.20074583 0 10.1016/j.hrthm.2020.05.014 1
10.1101/2020.04.27.20082180 0 10.1097/md.0000000000023720 1
10.1101/2020.04.27.20082479 0 10.1155/2020/2954519 1
10.1101/2020.04.29.20085761 0 10.1016/j.ejps.2020.105631 1
10.1101/2020.05.01.20086694 0 10.1053/j.gastro.2020.05.053 1
10.1101/2020.05.01.20088237 0 10.14218/erhm.2020.00045 1
10.1101/2020.05.01.20088260 0 10.2807/1560-7917.es.2021.26.28.2001401 1
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10.1101/2020.05.08.20094755 0 10.1093/cid/ciaa768 1
10.1101/2020.05.08.20095471 0 10.1016/j.ajpath.2020.05.014 1
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10.1101/2020.05.09.20095919 0 10.1080/09720510.2021.1964741 1
10.1101/2020.05.09.20096255 0 10.3390/ijerph18094491 1
10.1101/2020.05.09.20096420 0 10.1007/s10198-021-01355-4 1
10.1101/2020.05.11.20096347 0 10.1016/j.jamda.2020.06.018 1
10.1101/2020.05.11.20097709 0 10.1136/bmjdrc-2020-001476 0
10.1101/2020.05.11.20097709 0 10.1210/clinem/dgaa627 1
10.1101/2020.05.12.20098996 0 10.1016/j.qref.2020.10.007 1
10.1101/2020.05.12.20099242 0 10.1093/cid/ciaa1130 1
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10.1101/2020.05.13.20100081 0 10.1097/01.ccm.0000726492.01766.c2 1
10.1101/2020.05.14.20094144 0 10.1016/j.eclinm.2020.100553 1
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10.1101/2020.05.29.20114223 0 10.3389/fphar.2021.581833 1
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10.1101/2020.05.29.20117358 0 10.1093/cid/ciaa954 1
10.1101/2020.05.30.20117853 0 10.1186/s12889-020-09817-9 1
10.1101/2020.06.01.20112334 0 10.1016/j.nut.2020.111017 1
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